Klausimynai yra nustatytos formos klausimų (reikalavimų) rinkinys, skirtas naudoti įmonės/įstaigos vykdomos veiklos ar veiklos dalies patikrinimo metu kaip atmintinė inspektoriui. Klausimynai rengiami vadovaujantis farmacinę veiklą reglamentuojančių teisės aktų reikalavimais ir peržiūrimi kas kartą, kai tie teisės aktai keičiasi bei atnaujinami pagal poreikį. Klausimynuose nurodyti esminiai patikrinimų metu užduodami klausimai ir pagrindiniai reikalavimai (nuorodos į teisės aktų punktus), kurių turi laikytis įmonės/įstaigos, kad būtų galima konstatuoti, jog jų vykdoma veikla atitinka nustatytus reikalavimus. Klausimynai yra skelbiami Tarnybos internetinėje svetainėje ir siunčiami tikrinamiems ūkio subjektams kartu su informaciniu pranešimu apie planinį patikrinimą.

Klausimynai netaikomi patikrinimų radiniams fiksuoti (išskyrus vaistinių preparatų mažmeninės prekybos įmonių patikrinimams), nes patikrinimų radiniai, faktinės jų aplinkybės, nustatyti trūkumai, suklasifikuoti į kritinius, reikšmingus ir kitus, bei atitinkamos išvados, susijusios su patikrinimo tikslu, nustatyta tvarka ir terminais yra surašomi po patikrinimo tikrinimo pažymose, kurios patvirtintos Tarnybos viršininko arba Sveikatos apsaugos ministro įsakymu. Vaistinių preparatų mažmeninės prekybos įmonių patikrinimams naudojamas kontrolinis klausimynas - Vaistinių preparatų mažmeninės prekybos įmonės patikrinimo pažymos forma, patvirtinta Valstybinės vaistų kontrolės tarnybos prie Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministerijos viršininko 2020 m. sausio 24 d. įsakymu Nr. (1.72E)1A-116 „Dėl Vaistinių preparatų mažmeninės prekybos įmonių patikrinimų taisyklių ir Vaistinių preparatų mažmeninės prekybos įmonės patikrinimo pažymos formos patvirtinimo“ .

1. Vaistinės (jos filialo) bendrojo periodinio patikrinimo klausimynas 
2. Gamybinės vaistinės (jos filialo) ekstemporalių vaistinių preparatų gamybos ir kontrolės patikrinimo klausimynas
3. Narkotinių ir psichotropinių vaistinių preparatų laikymo ir pardavimo (išdavimo) patikrinimo vaistinėje  klausimynas 
4. Vaistinių preparatų laikymo ir įtraukimo į apskaitą Asmens sveikatos priežiūros įstaigose tikrinimo klausimynas
5. Vaistų prekybos tarpininkų veiklos tikrinimo klausimynas
6. Veikliųjų medžiagų importuotojų ir platintojų tikrinimo klausimynas
7. NVVO klausimynas
8. Vaistų gamintojų patikrinimo klausimynas dėl atitikimo Deleguoto Reglamento (ES) 2016/161 reikalavimams
9. Vaistų platinimo įmonių patikrinimo klausimynas dėl atitikimo Deleguoto Reglamento (ES) 2016/161 reikalavimams
10. Vaistinių patikrinimo klausimynas dėl atitikimo Deleguoto Reglamento (ES) 2016/161 reikalavimams
11. Vaistinių preparatų mažmeninės prekybos įmonių patikrinimo klausimynas - Vaistinių preparatų mažmeninės prekybos įmonės patikrinimo pažymoje
12. Vaistinių preparatų registruotojų farmakologinio budrumo veiklos patikrinimų klausimynas